两方协议违约金有法律效力。根据我国法律规定，合同一方或各方违反合同约定时，违约方应当向守约方支付一定数额的货币以弥补守约方损失，违约金数额可由双方协商约定违约金数额。
一、
两方协议违约金有法律效力吗
合同约定违约金对双方都有效力。违约金指合同各方在合同中约定的一方或各方违约时，违约方要支付给守约方一定数额的货币以弥补守约方损失，同时兼有惩罚违约行为作用的违约责任方式。承担违约责任后，是否还要继续履行或采取补救措施，可由合同各方协商确定。但是，当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当继续履行。
二、
合同的效力有哪些种类
合同的效力有有效合同、无效合同、效力待定合同、可变更可撤销合同四个种类。找法网提醒您，有效合同，是指具备了合同的生效要件，能够产生合同当事人预期法律效果的合同。无效合同，是指合同虽然已经成立，但因其严重欠缺有效要件，在法律上不按当事人之间的合意赋予其法律效力。
三、
确认合同效力的法律依据
确认合同效力的法律依据有：
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。